顯微鏡常見的有下面幾種：
一、光學顯微鏡的種類很多，除一般的外，主要有暗視野顯微鏡一種具有暗視野聚光鏡，從而使照明的光束不從中央部分射入，而從四周射向標本的顯微鏡.熒光顯微鏡以紫外線為光源，使被照射的物體發出熒光的顯微鏡。結構為：目鏡，鏡筒，轉換器，物鏡，載物臺，通光孔，遮光器，壓片夾，反光鏡，鏡座，粗準焦螺旋，細準焦螺旋，鏡臂，鏡柱。
二、暗視野顯微鏡；由于不將透明光射入直接觀察系統，無物體時，視野暗黑，不可能觀察到任何物體，當有物體時，以物體衍射回的光與散射光等在暗的背景中明亮可見。在暗視野觀察物體，照明光大部分被折回，由于物體（標本）所在的位置結構，厚度不同，光的散射性，折光等都有很大的變化。
三、相位差顯微鏡
四、視頻顯微鏡；將傳統的顯微鏡與攝象系統，顯示器或者電腦相結合，達到對被測物體的放大觀察的目的。
五、熒光顯微鏡；在螢光顯微鏡上，必須在標本的照明光中，選擇出特定波長的激發光，以產生螢光，然后必須在激發光和螢光混合的光線中，單把螢光分離出來以供觀察。因此，在選擇特定波長中，濾光鏡系統，成為極其重要的角色。
六、偏光顯微鏡；用于研究所謂透明與不透明各向異性材料的一種顯微鏡。凡具有雙折射的物質，在偏光顯微鏡下就能分辨的清楚，當然這些物質也可用染色法來進行觀察，但有些則不可能，而必須利用偏光顯微鏡。
七、超聲波顯微鏡；特點在于能夠的反映出聲波和微小樣品的彈性介質之間的相互作用，并對從樣品內部反饋回來的信號進行分析！
八、解剖顯微鏡，又被稱為實體顯微鏡或立體顯微鏡，是為了不同的工作需求所設計的顯微鏡。利用解剖顯微鏡觀察時，進入兩眼的光各來自一個獨立的路徑，這兩個路徑只夾一個小小的角度，因此在觀察時，樣品可以呈現立體的樣貌。
九、共聚焦顯微鏡；從一個點光源發射的探測光通過透鏡聚焦到被觀測物體上，如果物體恰在焦點上，那么反射光通過原透鏡應當匯聚回到光源，這就是所謂的共聚焦，簡稱共焦。
十、金相顯微鏡；主要用于鑒定和分析金屬內部結構組織，它是金屬學研究金相的重要儀器，是工業部門鑒定產品質量的關鍵設備，該儀器配用攝像裝置，可攝取金相圖譜，并對圖譜進行測量分析，對圖象進行編輯、輸出、存儲、管理等功能。
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